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Como consecuencia del mantenimiento de la hipótesis de guerra fronteriza entre los estados latinoamericanos hasta la segunda mitad del siglo XX, los militares obtuvieron grandes espacios de autonomía en sus respectivos países. Esto quiere decir que sus primeros procesos de profesionalización ocurrieron sin que se cumpla efectivamente el principio básico del Estado de Derecho que consiste en su subordinación al poder civil, a través de mecanismos institucionales de administración pública (desarrollo del Ministerio Civil de la Defensa), del control legislativo, de la unidad jurisdiccional del Estado. La guerra fría, potencializó aún más esta tendencia de las FFAA a conformarse como verdaderos estados autónomos dentro del Estado. Las instituciones armadas reemplazaron o anularon, duran te los gobiernos autoritarios, de corte militar, a las instituciones políticas, especialmente al Congreso y a los Partidos. Durante estos últimos 25 años, los países solucionaron sus diferendos territoriales, la mayoría de ellos por la vía de convenios pacíficos y Medidas de Confianza Mutua y Seguridad. Los Congresos en algunos países han podido recuperar alguna parte de las atribuciones constitucionales para controlar al Poder Ejecutivo en el tema de la conducción de las Fuerzas Armadas: definir los presupuestos militares, mantener activas y especializadas Comisiones de Defensa; legislar junto con el Ejecutivo sobre reformas puntuales pero sustanciales a la Constitución ya las leyes (definir las misiones militar es al ámbito específicamente de la defensa); aprobarlos convenios o tratados que involucren aspectos de la defensa o la movilización de militares en proyectos de servicio exterior y/o misiones de paz. Y, sobre todo, controlar el sistema de ascensos y promoción de los militares profesionales, especialmente de los oficiales superiores.